办理结婚证时，女方是离婚的，男方是初婚，结婚证是会注明“再婚”吗？

不会。
开玩笑那吗？

结婚证上不会注明再婚的，但一般离婚再婚的，要求有离婚证，且要求户口本上也变更为离异才给予登记！
结婚证办理流程 ：
登记地点：男女一方户口所在地的婚姻登记机关。
携带证明：
1、居民身份证
2、户口簿（或者集体户籍证明）
3、婚姻状况证明
①固定工、离退休职工由所在单位出具
②待业、个体无业人员由居（村）委会出具
③待业人员、个体户还应提供劳动手册（或执照）
4、二寸彩照3张本人近期正面免冠二寸单人彩照3张，双方照片颜色统一，结婚登记处有宝利来快照服务。
5、再婚当事人的特殊证明（另外需持①--④的证明）离婚证书（或解决夫妻关系证明）（或法院调解书）（或法院离婚判决书）注：持初级法院判决书的，还需带好初级法院判决生效的证明。
6、因私出境人员的特殊证明（另外需持①--④的证明）我驻外使、领馆认证（或公证）的在国外期间的婚姻证明。
7、因私出境回国定居者的特殊证明（另外需持①--④的证明）如无在国外期间的婚姻状况证明，可持经公证的本人在国外的未婚证明书。

应该不会有的，以下是详细规定——

结婚证办理流程

登记地点：男女一方户口所在地的婚姻登记机关。
携带证明：
1、居民身份证
2、户口簿（或者集体户籍证明）
3、婚姻状况证明
①固定工、离退休职工由所在单位出具
②待业、个体无业人员由居（村）委会出具
③待业人员、个体户还应提供劳动手册（或执照）
4、二寸彩照3张本人近期正面免冠二寸单人彩照3张，双方照片颜色统一，结婚登记处有宝利来快照服务。
5、再婚当事人的特殊证明（另外需持①--④的证明）离婚证书（或解决夫妻关系证明）（或法院调解书）（或法院离婚判决书）注：持初级法院判决书的，还需带好初级法院判决生效的证明。
6、因私出境人员的特殊证明（另外需持①--④的证明）我驻外使、领馆认证（或公证）的在国外期间的婚姻证明。
7、因私出境回国定居者的特殊证明（另外需持①--④的证明）如无在国外期间的婚姻状况证明，可持经公证的本人在国外的未婚证明书。
婚前体检：
1、持上述证明，有所在区、县民政局开具婚前体检介绍信。
2、携介绍信，到所在区、县的妇幼保健医院进行体检。
3、经体检证明符合条件的，持体检合格证明回民政局登记注册。
其它：需交纳结婚证工本费、服务费。

沈阳市婚姻管理办法
第十一条 出具婚姻状况证明及管理
(一)凡国家机关、企事业单位及具有法人资格、自行管理本机构人员人事档案、有关资料健全的机构或村(居)民委员会，可以为本机构或辖区内人员出具《婚姻状况证明》，不得以任何理由拒绝出具。没有工作单位的村(居)民不在本辖区结婚登记的，其婚姻状况证明应由乡、镇人民政
府或街道办事处的民政部门加盖“婚姻状况证明专用章”。
(二)《婚姻状况证明》由县级民政部门套印“婚姻状况证明管理专用章”，由单位的行政办公室、劳动人事部门或村(居)民委员会及政府的婚姻管理部门出具并加盖印章。
《婚姻状况证明》应当写明当事人出生年月日、婚姻状况(未婚、离婚、丧偶)及与何人结婚。

会，注明女方再婚

这个绝对不会，即使两人都是二婚，也不会在户口上登记再婚。